U farmaceutskoj industriji plastične kutije također imaju važnu primjenu. Ambalaža farmaceutskih proizvoda mora biti vodootporna, otporna na vlagu i oksidaciju, te mora biti dobro zatvorena kako bi se osigurala kvaliteta i djelotvornost lijekova.
Plastične kutije se mogu koristiti za pakovanje pilula, kao i za pakovanje dobro izmerenih prahova, lekova itd. Osim toga, neki medicinski uređaji se mogu pakovati i transportovati u plastične kutije.